Miejscowość jako mała osada rybacka była wymieniana po raz pierwszy w tysiąc trzysta siedemdziesiątym drugim roku. Na początku piętnastego wieku tereny te po pokoju w Raciążku w tysiąc czterysta trzecim roku znalazły się pod panowaniem Zakonu Krzyżackiego, który wybudował w niej niedługo później gotycki . W pierwszej połowie piętnastego wieku miejscowe dobra od króla Kazimierza Jagiellończyka otrzymał Radziwiłł Ościkiewicz. Od tysiąc pięćset czterdziestego do tysiąc sześćset czternastego właścicielami dóbr, a potem miasta byli Kiszkowie. Drogą wiana miasto przeszło w ręce wojewody wileńskiego Krzysztofa Radziwiłła, który poślubił w tysiąc sześćset drugim roku Annę Kiszczankę. W 1590 roku otrzymały prawa miejskie z rąk Zygmunta III Wazy. W XVI i XVII w. pod władaniem Radziwiłłów, w latach 18111863 własność rodu Hutten-Czapskich. W okresie reformacji do XX w. ośrodek kalwinizmu. Kiejdany należały też do najważniejszych XVI w., założonych przez Jana Kiszkę ośrodków braci polskich. Kiejdany na mocy uchwały sejmu 1647 roku uzyskały prawo głównego składu.
20 października 1655 podpisano układ, który zawarli Radziwiłłowie (hetman litewski Janusz Radziwiłł i jego kuzyn koniuszy litewski Bogusław) z królem szwedzkim Karolem X Gustawem. Ów układ oddawał pod protekcję Szwecji całą Litwę i wraz z układem w Ujściu (wojewoda poznański Krzysztof Opaliński i wojewoda kaliski Andrzej Karol Grudziński) przewidywał oddanie Szwecji Rzeczypospolitej. Plany te udaremniła skuteczna obrona Częstochowy przed Szwedami oraz powszechny zryw szlachty polskiej i chłopstwa przeciw skandynawskiemu najeźdźcy. U schyłku Rzeczypospolitej w Kiejdanach stacjonowała 1 Brygada Kawalerii Narodowej Wielkiego Księstwa Litewskiego. Od przełomu XVIII/XIX w. Kiejdany były własnością pułkownika napoleońskiego Stanisława Hutten-Czapskiego. 29 kwietnia 1831 w czasie powstania listopadowego miała miejsce bitwa pod Kiejdanami. Syn Stanisława, Marian Czapski, wybudował w Kiejdanach około 1850 roku rozległą rezydencję szlachecką z parkiem, która za udział w powstaniu styczniowym została mu przez Rosjan skonfiskowana, a on sam został zesłany na Syberię. Majątek Czapskich został przez Rosjan oddany rosyjskiemu generałowi Edwardowi Tottlebenowi.
W 1929 w kościele św. Józefa kazania w języku polskim zastąpiono kazaniami w języku litewskim. Podczas II wojny światowej został całkowicie zniszczony pałac Czapskich z połowy XIX w. W mieście znajduje się muzeum regionalne.
Podczas okupacji hitlerowskiej, 23 lipca 1941 roku Niemcy utworzyli getto dla żydowskich mieszkańców. Przebywało w nim około 3000 osób. 28 sierpnia 1941 roku Niemcy zlikwidowali getto, a Żydów zamordowano na terenie parku. Sprawcami zbrodni byli żołnierze z Einsatzkommando , oraz litewscy policjanci, kolejarze i osoby cywilne.
